La salud de San Francisco se fue deteriorando, los estigmas le hacían sufrir y le debilitaron, casi había perdido la vista. En el verano de 1225 lo llevaron con varios doctores porque ya estaba muy enfermo. Poco antes de morir dictó un testamento en el que les recomendaba a los hermanos frailes observar la regla y trabajar manualmente para evitar la ociosidad y dar buen ejemplo.

Al enterarse que le quedaban pocas semanas de vida, dijo “¡Bienvenida, hermana muerte!” y pidió que lo llevaran a la iglesia de la Porciúncula. Murió después de escuchar la pasión de Cristo según San Juan. Tenía 44 años de edad. Lo sepultaron en la Iglesia de San Jorge en Asís. 

Son famosas las anécdotas de los pajarillos que venían a escucharle cuando cantaba las grandezas del Señor, del conejillo que no quería separarse de él y del lobo amansado por el santo.

San Francisco contribuyó mucho a la renovación de la Iglesia de la decadencia y el desorden en que había caído durante la Edad Media. El ayudó a la Iglesia que vivía momentos difíciles.

Su vida nos enseña a vivir la virtud de la humildad. Supo dejar no sólo el dinero de su padre sino, aceptar la voluntad de Dios en su vida. Fue capaz de ver la grandeza de Dios y la pequeñez del hombre. Veía la grandeza de Dios en la naturaleza.

Nos enseña a saber contagiar ese entusiasmo por Cristo a los demás. Predicar a Dios con el ejemplo y la palabra. San Francisco lo hizo con Santa Clara y con sus seguidores dando buen ejemplo de la libertad que da la pobreza al vivir ofreciendo sacrificios a Dios. Lo más importante para él era estar cerca de Dios. Su vida de oración fue profunda y era lo primordial.

Fue fiel a la Iglesia y al Papa. Fundó la orden de los franciscanos de acuerdo con los requisitos de la Iglesia y les pedía a los frailes obedecer a los obispos.

Nos enseña a vivir cerca de Dios y no de las cosas materiales. Saber encontrar en la pobreza la alegría, ya que para amar a Dios no se necesita nada material.

Nos enseñó lo importante que es sentirnos parte de la Iglesia y ayudarla siempre especialmente en momentos de dificultad.